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闭幕式上举行了年会会旗交接仪式，明确下一届年会将在山东省青岛市举办。
6月30日下午，由中国科协和黑龙江省人民政府共同主办的第二十一届中国科协年会在哈尔滨圆满落幕。
中国科协党组书记、常务副主席怀进鹏出席闭幕式并致辞，黑龙江省委副书记陈海波出席闭幕式，中国科协党组副书记、副主席徐延豪主持闭幕式，黑龙江省领导李显刚、程志明、张显友出席闭幕式，山东省副省长孙继业致辞。
怀进鹏全面总结了第二十一届中国科协年会取得的成效。他指出，本届年会突出智库引领，扎实开展前期调研，高起点谋划高质量发展，论坛报告给人以思想启迪；突出产学融合，举办系列论坛活动，延伸服务链条，着力构建服务地方发展长效机制；突出开放创新，15项国际活动吸引近30个国家、20余个国际组织的专家参会，充分利用全球资源培育发展优势；(突出以人为本，系列科普活动受众超百万，引进60个原创性、独创性、引领性的海外高科技创新创业项目，以世界眼光在全球范围内引才聚才。中国科协年会体现出鲜明的时代特色，日益成为弘扬科学家精神的阵地、展示成果的平台、科普惠民的园地、建言资政的智囊、开放合作的纽带。
怀进鹏指出，要放眼世界大变局，深刻理解科技创新的价值、学术交流的价值、开放合作的价值，从战略和全局高度识别问题，识别机遇，识别挑战，担当起创新与振兴的时代使命，推动以科技支撑共建繁荣世界。
怀进鹏强调，要强化使命担当，真心诚意为科技工作者服务，搭建桥梁平台，营造良好环境，让科技工作者在为祖国、为人民、为民族、为人类的奋斗中成就创新梦想、实现人生价值；要深化成果落地，精心做好年会后续对接服务工作，激活科协组织“一体两翼”，把年会成果转化为创新发展的实绩；要固化合作机制，不断拓展国内外开放合作新格局，发挥协同创新组织的枢纽作用，发挥市场机制优势，最大限度激发科技第一生产力蕴含的巨大潜能；要优化创新环境，尊重人才成长和发挥作用的规律，着力优化人才成长环境，创造拴心留人的条件，让各类人才扎根东北这片黑土地，把论文写在祖国大地上。
闭幕式上，中国科协副主席、中国海洋学会副理事长、中国工程院院士周守为代表中国科协发布了“暗物质是种能探测到的基本粒子吗？”“高能量密度动力电池材料电化学”“人工智能系统的智能生成机理”等20个重大科学问题和工程技术难题。中国工程院院士、中国航空发动机集团有限公司总经理助理、科技委副主任向巧，神州数码控股有限公司董事局主席郭为，青年科技工作者代表、北京大学助理研究员肖凌云分别作了题为《关于航空发动机创新发展的几点认识》《数字科技与自主创新》《基于科学，探索三江源的人与自然和谐共生》的主旨报告。
闭幕式上还颁发了首届“国际绿点大赛”奖项、中国(哈尔滨)海外人才创新创业项目大赛奖项，举行了年会会旗交接仪式，明确下一届年会将在山东省青岛市举办。
中国科协有关负责同志，院士专家和一线科技工作者代表、港澳台代表、国外专家学者和科技组织代表等共1000余人出席闭幕式。